В 1896 году в нашем селе была открыта церковно-приходская школа с тремя классами обучения.
С октября 1917 школа была отделена от церкви.
В 1931 начальная школа была реорганизована в семилетнюю (ШКМ - школа колхозной молодёжи). Начальное образование становится обязательным. Занятия проводились в трех зданиях: старой школе (1896 г. постройки), доме Фотицева (1913 г. постройки) и поповском доме (1900 г. постройки). В село прибыла группа учителей.
Приход немцев в село в ноябре 1941 года на какое-то время прерывает занятия в школе. Но вскоре они были возобновлены.
В 1954 году началось строительство новой школы. В 1957 году борисовскими плотниками оно было завершено.
Школа распахнула свои двери и приняла первых учеников. Работниками школы, учащимися велась большая работа по её благоустройству. Продолжалось строительство школьных объектов: мастерская, географическая площадка, кирпичная пристройка к школе на 100 ученических мест, школьное здание № 2, тир.
1961 - восьмилетняя школа
1964 - средняя школа
В 1964 году организовано производственное обучение по специальностям: «Лаборант сельскохозяйственного производства» и «Электрик сельскохозяйственного производства».
1966 - первый выпуск средней школы.
1967- первый выпуск вечерней средней школы
1967 - создана ученическая производственная бригада: ежегодно обрабатывалось по 20-50 га сахарной свеклы. Учащиеся оказывали помощь колхозу в уборке картофеля, овощей, фруктов.
1971 - первый выпуск трактористов.
1989 - на базе школы было открыто обучение учащихся по профессиям «тракторист-машинист» и «швея», позже «водитель транспортных средств категории «С». В наличии имелся автомобиль, два трактора с прицепами, сенокосилка, плуг, картофелекопалка.
1990 – построена новая школа со спортзалом, учебными мастерскими, компьютерным классом, 15 учебными кабинетами, столовой, классом хореографии, автогаражом, овощехранилищем, тиром, тремя комнатами для дошкольного образования.
1992 – средняя школа-сад
1993 – открытие «Музея истории школы». В 2000 году в районном смотре-конкурсе школьных музеев он занял 2 место.
1998 – УПБ (ученическая производственная бригада) заняла 3 место в областном смотре-конкурсе бригад.
2018 – открытие мемориальной доски на здании школы полного кавалера Ордена Славы Жиронкина А. Т. Открытие было ярким и торжественным, оно происходило на линейке 1 сентября. Присутствовало много гостей, в том числе и родственники самого героя.
2019 –капитальный ремонт
В Нижнепенской школе учились:
- Герой Советского Союза Сычев В.Е., около здания школы ему установлен бюст и на здании школы прикреплена памятная доска;
- полный кавалера Ордена Славы Жиронкин А. Т.;
- знатная свекловичница – пятисотница Дадыкина Н.Ф.
- генеральный директор Белгородского абразивного завода Сафонов А.И.
- поэт Алексейченко А.Д.
- преподаватель медицинского факультета БелГУ, профессор, доктор медицинских наук, главный врач кожно-венералогического диспансера Шабалин А.Р.
- полковник Мартынов А.Г., командир отряда специального назначения «Сокол»